FOXA1

Cette étude explore comment les enhancers altérés dans le cancer de la prostate coopèrent au sein de l'architecture 3D de la chromatine pour piloter les programmes oncogéniques. Les chercheurs ont identifié des enhancers spécifiques au cancer de la prostate qui forment des interactions hautement imbriquées avec les promoteurs, créant des "hubs" multi-connectés. Des perturbations CRISPR/Cas9 ont révélé des classes d'enhancers distinctes : les enhancers centraux dont la suppression effondre l'activité du hub et la prolifération cellulaire, et les enhancers redondants dont la suppression a un impact minimal grâce à une compensation architecturale. Le facteur de transcription FOXA1 a été identifié comme se liant directement à ces enhancers et régulant leurs classes distinctes. Ces découvertes suggèrent que les enhancers fonctionnent de manière coordonnée et ouvrent de nouvelles voies pour des thérapies de précision.

Les mutations somatiques dans les régions promotrices riches en GC sont des moteurs importants du cancer, mais leur détection est difficile en raison de la faible couverture de séquençage dans ces zones. Cette étude présente un essai de capture hybride optimisé pour plus de 3000 promoteurs de gènes liés au cancer, permettant un séquençage profond de ces régions complexes. Cette méthode facilite la découverte de mutations ponctuelles fiables, de petites insertions/délétions, de variants du nombre de copies et de signatures mutationnelles. L'essai a identifié des mutations non codantes candidates dans les gènes CDK4, SMAD3 et GATA3 dans le cancer du sein, ouvrant la voie à de futures investigations fonctionnelles.