TP53

Cette étude a développé et évalué une plateforme optimisée de xénogreffes dérivées de patients (PDX) par transplantation intramusculaire pour le cancer gastrique. Le modèle a démontré un taux de greffe élevé de 71,7%, surpassant les méthodes conventionnelles. Les chercheurs ont utilisé le séquençage d'exome entier pour identifier des mutations pilotes divergentes entre les tumeurs à croissance rapide et lente. Les résultats suggèrent que la sélection de la chimiothérapie guidée par PDX est associée à une meilleure survie sans progression, et que les profils de mutations pilotes peuvent servir de biomarqueurs pronostiques.

Cette étude japonaise en vie réelle a exploré le profilage génomique complet et la charge mutationnelle tumorale (TMB) dans le carcinome parathyroïdien, une tumeur endocrine rare. Sur 25 patients, 28% présentaient une TMB élevée (≥ 10 mut/Mb), avec des altérations fréquentes dans les gènes CDC73, TP53 et MEN1. Des altérations de POLE et une instabilité microsatellitaire (MSI-high) ont également été identifiées dans certains cas. Ces résultats soulignent l'hétérogénéité moléculaire de cette maladie et l'intérêt du profilage génomique pour identifier de nouvelles pistes thérapeutiques.

Cette étude a analysé le paysage mutationnel du gène TP53 dans le carcinome épidermoïde oral (OSCC) et son association avec la survie des patients. En utilisant le séquençage de nouvelle génération sur 124 échantillons, des mutations pathogènes de TP53 ont été identifiées chez 65% des patients, avec 75 profils de variants différents. Les patients porteurs de ces mutations présentaient une survie spécifique au cancer significativement plus courte, particulièrement ceux atteints de maladies de stade avancé (III/IV). Les mutations tronquantes ou d'épissage étaient associées à un pronostic encore plus défavorable. Ces résultats soulignent l'importance d'une classification moléculaire basée sur TP53 pour le développement de nouvelles stratégies de précision contre l'OSCC.

Cette étude explore les altérations génétiques supplémentaires dans les cancers gastriques (CG) amplifiés pour MET, qui sont associés à un mauvais pronostic et une réponse limitée aux thérapies ciblées. Les chercheurs ont découvert que l'amplification de MET est fréquemment accompagnée de co-amplifications d'autres oncogènes situés sur le chromosome 7, tels que BRAF, CDK6 et EGFR, dans 54% des cas. Ces co-amplifications se manifestent de manière très hétérogène, tant au sein d'une même tumeur qu'entre différentes tumeurs. Cette hétérogénéité complexe pourrait expliquer les défis diagnostiques et thérapeutiques, la progression subclonale et l'échec des traitements ciblés dans les CG MET-amplifiés.

Cette étude en vie réelle a analysé le paysage génomique des mutations GNAQ et GNA11 chez 5 416 patients atteints de tumeurs solides métastatiques. Elle a révélé que ces mutations, bien que connues dans le mélanome uvéal, sont également présentes dans d'autres cancers comme le colorectal, le mélanome et le gastrique. Un sous-groupe immunogène, caractérisé par des mutations non-hotspot et une TMB élevée ou une MSI élevée, a été identifié et associé à un bénéfice potentiel des inhibiteurs de points de contrôle immunitaire. Les mutations hotspot canoniques, en revanche, étaient prédominantes dans les tumeurs à faible TMB/MSS. Ces résultats soulignent l'importance de différencier les mutations driver des mutations "bystander" pour guider les stratégies thérapeutiques.

Cette étude rétrospective a analysé les caractéristiques cliniques, chirurgicales et moléculaires de 52 patients adultes atteints de gliome diffus de la ligne médiane (DMG) altéré par H3 K27 et traités par résection chirurgicale. La survie globale médiane était de 17,8 mois. Le profilage génomique a révélé une prédominance de mutations H3F3A, souvent associées à des mutations TP53, ainsi qu'un enrichissement significatif de mutations dans la voie RTK/RAS/PI3K, impliquant NF1, FGFR1 et PIK3CA. La radiothérapie adjuvante postopératoire combinée au témozolomide a été identifiée comme le seul facteur protecteur indépendant pour la survie globale. Bien que la résection maximale sûre soit jugée essentielle, les thérapies ciblées n'ont pas atteint une signification statistique indépendante.

Cette étude internationale visait à identifier des biomarqueurs pronostiques génétiques chez des patients atteints de neuroblastome de risque intermédiaire, âgés de plus de 18 mois, sans amplification de MYCN, avec des tumeurs localisées non résécables ou de stade 3 et une histologie défavorable, qui présentent des pronostics inférieurs. Les chercheurs ont analysé les altérations du nombre de copies chromosomiques, le séquençage ADN de nouvelle génération, les mécanismes de maintien des télomères et l'expression génique. Les résultats ont montré que les amplifications d'oncogènes, les altérations de la voie p53 et les aberrations chromosomiques segmentaires typiques (tSCA) sont des marqueurs pronostiques indépendants associés à une survie sans événement et une survie globale significativement réduites. Ces découvertes suggèrent que ces patients pourraient bénéficier de traitements intensifiés ou alternatifs.

Cette étude a caractérisé le paysage génomique du léiomyosarcome, une tumeur rare et agressive, en analysant un large ensemble de données du projet AACR GENIE. Les chercheurs ont examiné plus de 1000 échantillons tumoraux, identifiant les mutations somatiques et les altérations du nombre de copies les plus fréquentes. Les gènes TP53, RB1 et ATRX étaient les plus fréquemment altérés, avec des délétions homozygotes de RB1 et TP53, et des amplifications de MAP2K4. L'étude a également mis en évidence des altérations enrichies en IGF2 et AXIN1 dans les échantillons métastatiques, suggérant leur rôle potentiel dans la progression de la maladie. Ces découvertes améliorent la compréhension de la biologie du léiomyosarcome et pourraient orienter les futures stratégies d'oncologie de précision.

Cette étude évalue la performance des outils de prédiction in silico pour la curation des variants génétiques dans un panel de gènes de prédisposition au cancer. Les chercheurs ont appliqué les seuils recommandés par le groupe de travail ClinGen SVI et les prédictions d'AlphaMissense à des variants de gènes comme BRCA1, BRCA2, TP53, TERT et ATM, dont la pathogénicité ou la bénignité est établie. Les résultats ont révélé une sensibilité insuffisante pour les variants pathogènes de TERT et les variants bénins de TP53. L'étude souligne que la performance de ces outils peut être spécifique à chaque gène et dépend des jeux de données d'entraînement utilisés. Il est donc crucial de valider ces outils pour des gènes individuels, en particulier pour les variants faux-sens.

Cette étude prospective observationnelle a évalué l'utilité de l'ADN tumoral circulant (ADNtc) pour le profilage mutationnel et le suivi dynamique chez 33 patients atteints de cancer colorectal métastatique sous chimiothérapie palliative. L'ADNtc a été détecté chez la majorité des patients au départ, révélant des mutations fréquentes dans APC, TP53, KRAS et PIK3CA. Une bonne concordance a été observée entre les profils d'ADNtc plasmatique et les données tissulaires. L'analyse longitudinale a montré l'émergence de mutations acquises, notamment des mutations RAS sous thérapie anti-EGFR, et a corrélé des niveaux élevés d'ADNtc avec une survie globale plus courte. Ces résultats soulignent le potentiel de l'ADNtc pour guider les stratégies de traitement personnalisées et surveiller la résistance.

Cette étude prospective a évalué le profilage de l'expression génique de sept gènes (EGFR, FGFR2, PIK3CA, PTEN, SMAD4, STK11, TP53) dans l'ARN libre circulant (cfRNA) de condensats d'air expiré (EBC) chez des patients atteints d'adénocarcinome pulmonaire avancé. Les résultats ont montré que PIK3CA présentait la meilleure performance diagnostique pour distinguer les patients des contrôles sains. Une expression élevée de FGFR2 et PIK3CA était associée à une survie globale plus courte, indiquant leur pertinence pronostique. L'expression d'EGFR a montré une forte corrélation entre l'EBC et le plasma, et une faible expression d'EGFR était liée à une survie plus longue chez les patients recevant une chimiothérapie seule. Cette approche non invasive par EBC offre un potentiel pour la caractérisation moléculaire et la stratification des patients.

Cette vaste analyse génomique de 2901 carcinomes de l'endomètre affine la classification moléculaire en répondant à plusieurs questions cliniques. L'étude confirme que tous les gènes de réparation des mésappariements (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2) confèrent un pronostic favorable équivalent, validant ainsi le statut dMMR comme désignation pronostique de classe. Elle démontre que le bénéfice de survie exceptionnel associé aux tumeurs POLE-ultramutées est limité aux mutations pathogènes canoniques du domaine exonucléase, excluant les variants de signification incertaine. Enfin, les patients présentant des mutations de TP53 et une forte instabilité du nombre de copies (CNH) sont identifiés comme ayant le besoin thérapeutique le plus urgent.

Cette étude rétrospective a analysé 120 cas d'adénocarcinome pulmonaire (LUAD) avec épanchements séreux malins (MSE) pour caractériser leurs aspects clinicopathologiques, moléculaires et pronostiques. Les épanchements pleuraux étaient les plus fréquents, mais l'atteinte péricardique était associée à la survie globale la plus courte. Le profilage moléculaire a révélé des mutations de TP53 et des altérations actionnables dans des gènes comme EGFR, KRAS, BRAF, ALK et ROS1. La négativité de NKX2-1 (TTF-1) et l'absence d'altérations actionnables étaient des facteurs pronostiques indépendants défavorables, la double négativité NKX2-1/CD274 (PD-L1) définissant le sous-groupe à plus mauvais pronostic. Les régimes basés sur l'immunothérapie et les inhibiteurs de tyrosine kinase ont montré des bénéfices variables sur la survie.

Les mutations somatiques dans les régions promotrices riches en GC sont des moteurs importants du cancer, mais leur détection est difficile en raison de la faible couverture de séquençage dans ces zones. Cette étude présente un essai de capture hybride optimisé pour plus de 3000 promoteurs de gènes liés au cancer, permettant un séquençage profond de ces régions complexes. Cette méthode facilite la découverte de mutations ponctuelles fiables, de petites insertions/délétions, de variants du nombre de copies et de signatures mutationnelles. L'essai a identifié des mutations non codantes candidates dans les gènes CDK4, SMAD3 et GATA3 dans le cancer du sein, ouvrant la voie à de futures investigations fonctionnelles.

Cette étude a analysé le profil génomique de 480 patients atteints d'adénocarcinome métastatique de primitif inconnu (ACUP) en utilisant la plateforme FoundationOne CDx. Les mutations les plus fréquentes incluaient TP53, KRAS et CDKN2A. Les résultats ont révélé que les mutations de GNAS et PIK3CA étaient associées à une meilleure survie globale. En revanche, les altérations de ARID1A et NOTCH1 étaient liées à un pronostic plus défavorable. Ces découvertes soulignent l'importance des altérations génomiques spécifiques comme marqueurs pronostiques dans l'ACUP.

Le système de stadification FIGO pour le cancer de l'endomètre a été révisé en 2023, intégrant des critères anatomiques affinés et des déterminants moléculaires. Cette mise à jour vise à optimiser la sélection des traitements adjuvants en maximisant les bénéfices et en minimisant les effets indésirables. Les sous-groupes moléculaires incluent POLEmut, p53abn, MMRd et NSMP. Les recommandations ESGO-ESTRO-ESP de 2025 complètent ce cadre en exigeant l'évaluation du récepteur d'œstrogènes (ER) dans la catégorie NSMP, identifiant ainsi les maladies à risque accru de récidive et de mortalité.