Semaine 2026-W34

Cette étude a caractérisé la prévalence des mutations KRAS G12C dans les cancers génito-urinaires, un domaine où les données étaient limitées malgré l'approbation de thérapies ciblées. Un profilage génomique complet a été réalisé sur plus de 13 000 échantillons de carcinomes rénaux à cellules claires, de carcinomes urothéliaux de la vessie et d'adénocarcinomes acinaires de la prostate. Les résultats ont montré que les mutations KRAS G12C sont rares dans ces tumeurs, avec une incidence de 0% dans les carcinomes rénaux, 0,6% dans les carcinomes urothéliaux de la vessie et moins de 0,01% dans les adénocarcinomes de la prostate. Malgré leur faible fréquence, ces mutations représentent une cible thérapeutique émergente, justifiant des investigations supplémentaires, notamment dans le cadre d'essais cliniques de type "basket" pour les patients porteurs de cette altération.

Cette étude a utilisé le profilage de la méthylation de l'ADN à l'échelle du génome pour améliorer la classification des carcinomes ovariens mucineux (MOC) et les distinguer des métastases mucineuses extra-ovariennes (EOM). Les analyses ont révélé deux sous-types de tumeurs ovariennes mucineuses borderline (mBOT) et deux sous-types de MOC avec une pertinence pronostique potentielle. Un classificateur d'apprentissage automatique en trois étapes a été développé et validé, atteignant une précision de 95,5 % en interne et de 91,11 % en externe pour différencier les MOC des EOM. Ces résultats établissent un cadre épigénétique pour les tumeurs ovariennes mucineuses et offrent un outil de classification clinique robuste.

Cette étude de phase II a évalué l'efficacité et la sécurité de l'association durvalumab et olaparib en traitement d'entretien chez 60 patients atteints d'un cancer du poumon à petites cellules de stade étendu (ES-SCLC) non traité auparavant. Le régime combiné a montré une efficacité prometteuse, avec un taux de survie sans progression à 12 mois de 25,0%, une survie sans progression médiane de 6,8 mois et une survie globale médiane de 14,6 mois. Une analyse multi-omique a identifié un sous-groupe caractérisé par une hypométhylation de l'ADN, associé à une amélioration significative des résultats de survie. Ce sous-groupe présentait une meilleure présentation antigénique, un profil cytokinique favorable et une suppression des voies de réparation de l'ADN, suggérant un biomarqueur potentiel pour la sélection des patients.

Cette étude multi-omique et expérimentale identifie l'enzyme de conjugaison de l'ubiquitine E2 C (UBE2C) comme un gène central et un biomarqueur pronostique clé dans le carcinome hépatocellulaire (CHC). UBE2C est fortement exprimé dans le CHC, notamment dans les hépatocytes, et sa suppression inhibe la prolifération et la croissance tumorale. L'étude révèle que les régions à forte expression d'UBE2C sont associées à un microenvironnement immunosuppressif, caractérisé par l'enrichissement en TGFB1 et l'exclusion des lymphocytes T cytotoxiques. Un nomogramme basé sur UBE2C, le stade T et le stade tumoral a été développé pour prédire la survie des patients et stratifier la réponse à l'immunothérapie.

Cette étude de phase 3, LIBRETTO-432, a évalué l'efficacité et la sécurité du selpercatinib adjuvant chez des patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules (CPNPC) de stade précoce (IB, II ou IIIA) et porteurs d'une fusion RET, après une thérapie définitive. Les patients ont été randomisés pour recevoir du selpercatinib ou un placebo pendant trois ans. Le critère principal était la survie sans événement (SSE) chez les patients de stade II ou IIIA. Les résultats ont montré une amélioration significative de la SSE à 2 ans avec le selpercatinib (92% vs 61% pour les stades II/IIIA, HR=0.17), et une tendance similaire pour l'ensemble des stades IB-IIIA (94% vs 70%, HR=0.16). Le profil de sécurité était gérable, avec des élévations des transaminases comme effets indésirables les plus fréquents.

Cette étude propose une approche innovante de deep learning à double branche pour prédire la sensibilité aux médicaments (IC50) à travers différents types de cancers. Le modèle combine des réseaux d'isomorphisme de graphes (GIN) pour représenter la structure chimique des médicaments et un perceptron multicouche (MLP) pour intégrer les activités des voies biologiques ssGSEA dérivées de l'expression génique. Entraîné sur le jeu de données GDSC2, ce modèle atteint des performances supérieures aux méthodes existantes, avec un R2 de 0,8553 et un coefficient de corrélation de Pearson de 0,9249. L'intégration des caractéristiques des voies biologiques s'est avérée cruciale pour l'amélioration de la précision.

Cette étude a caractérisé le spectre des variants des gènes TSC1 et TSC2 chez 34 patients grecs atteints de sclérose tubéreuse de Bourneville (STB). En utilisant le séquençage de nouvelle génération ciblé, des variants pathogènes ou probablement pathogènes ont été identifiés chez 65% des probands. La majorité des variants se trouvaient dans TSC2, et sept variants étaient inédits. Une corrélation génotype-phénotype exploratoire a suggéré une présentation clinique plus sévère chez les patients porteurs de variants TSC2. Ces résultats soulignent l'importance du dépistage génétique pour le diagnostic, le conseil génétique et la prise en charge des patients atteints de STB.

Cette étude a identifié une nouvelle signature d'expression génique prédictive de la réponse au bevacizumab chez les patientes atteintes d'un cancer de l'ovaire. En utilisant des approches d'apprentissage automatique sur des données RNA-seq et de microarray, les chercheurs ont découvert une signature associée à une amélioration significative de la survie globale chez les patientes recevant le bevacizumab. Cette signature, potentiellement liée à des caractéristiques de "stemness" et au gène CTCFL, a été validée sur plusieurs cohortes indépendantes. Ces résultats suggèrent une hétérogénéité transcriptionnelle du cancer de l'ovaire au-delà des classifications actuelles, offrant une piste pour une meilleure sélection des patientes.

Cette étude a exploré les profils de méthylation de l'ADN dans 259 cancers colorectaux sporadiques, cherchant à identifier des signatures associées à l'instabilité microsatellitaire (MSI) au-delà du phénotype CIMP et de l'hyperméthylation du promoteur de MLH1. Les chercheurs ont découvert 656 sites CpG différentiellement méthylés liés à l'MSI, incluant l'hyperméthylation de LRP6, GSK3B et CDK12, des gènes impliqués dans la signalisation WNT et la régulation transcriptionnelle. L'étude a également mis en évidence une hétérogénéité au sein des CRC MSI, avec une co-occurrence de l'hyperméthylation de MLH1 et TXNRD1. Enfin, la localisation anatomique s'est avérée être un déterminant majeur du méthylome du CRC, contribuant à une meilleure stratification moléculaire de la maladie.

Cette étude de phase 2 a évalué l'ajout de tislelizumab à la chimiothérapie périopératoire chez des patients atteints d'un cancer gastrique ou de la jonction gastro-œsophagienne localement avancé. Les patients ont été stratifiés en fonction de l'expression de la classe II du CMH spécifique à la tumeur (tsMHC-II). Les résultats ont montré que l'immunothérapie combinée augmentait significativement le taux de réponse pathologique majeure (mPR) chez les patients tsMHC-II positifs (61,8% contre 26,5% avec la chimiothérapie seule). Aucun bénéfice n'a été observé dans le sous-groupe tsMHC-II négatif, suggérant que tsMHC-II est un biomarqueur prédictif prometteur.

Cette étude a développé un cadre de deep learning pour accélérer la découverte de médicaments pour le cancer du sein triple négatif (CSTN), un sous-type agressif avec des options thérapeutiques limitées. Le modèle a prédit l'efficacité anticancéreuse, la toxicité et les similarités structurelles de composés. En criblant plus de 6 000 composés, l'étude a identifié l'emodepside comme un candidat prometteur. Des validations in vitro et in vivo ont confirmé son efficacité antitumorale, notamment en inhibant la croissance tumorale dans des modèles de xénogreffe. Des analyses multiomiques ont révélé que l'emodepside agit en inhibant la NAMPT, induisant l'apoptose des cellules CSTN.

Une nouvelle étude a développé et validé un test non invasif de méthylation de l'ADN urinaire pour la détection du cancer de la prostate, visant à améliorer la spécificité du dépistage par PSA. Ce test, basé sur la méthylation de deux gènes (ADD3 et GSX2), a été développé rétrospectivement sur 348 participants et validé prospectivement sur 200 participants dans une étude multicentrique. Il a démontré une performance diagnostique robuste avec des AUC de 0,86 et 0,91, et une spécificité supérieure à 90%. L'intégration de cet outil pourrait potentiellement éviter environ 55% des biopsies inutiles sans compromettre la détection du cancer.

Cette étude a exploré l'impact fonctionnel des mutations récurrentes dans le cancer du col de l'utérus. En utilisant le séquençage de l'exome entier et des modèles cellulaires et in vivo, les chercheurs ont identifié la mutation PIK3CA-E545K comme étant fréquente. Cette mutation a été démontrée pour augmenter la prolifération et l'invasion des cellules tumorales tout en inhibant l'apoptose. Ces effets sont médiés par une activation soutenue de la voie de signalisation AKT/mTOR. Les résultats suggèrent que cibler l'axe PI3K/AKT/mTOR pourrait représenter une stratégie thérapeutique prometteuse pour ce cancer.

Cette étude explore des stratégies pour surmonter la résistance aux médicaments dans les tumeurs stromales gastro-intestinales (GIST) causée par des mutations oncogéniques de KIT et PDGFRA. Les inhibiteurs de tyrosine kinase (ITK) actuels sont limités par des toxicités hors cible et des mutations de résistance. Les chercheurs ont utilisé une approche de "scaffold hopping" basée sur la structure pour concevoir de nouveaux inhibiteurs sélectifs. Leurs études de relations structure-activité et 14 structures co-cristallines, dont celle de PDGFRA-G680R, ont permis de définir les interactions moléculaires clés. Les inhibiteurs à base de 6,7-quinazoline développés montrent une forte puissance contre les mutations cliniquement pertinentes de KIT/PDGFRA et suppriment efficacement la signalisation en aval.

Cette étude présente un nouveau génome de référence humain diploïde complet, allant de télomère à télomère, pour le génome HG002. Ce benchmark atteint une précision quasi parfaite sur 99,4 % du génome et ajoute 701,4 Mb de séquence autosomique et 216,8 Mb de chromosomes sexuels, absents des benchmarks précédents. Les chercheurs ont annoté les gènes et les répétitions sur les deux haplotypes, identifiant près de 20 000 gènes codant pour des protéines sur l'haplotype maternel et plus de 19 000 sur le paternel. Ils ont également développé de nouvelles méthodes pour évaluer la précision des lectures, des appels de variants phasés et des assemblages par rapport à cette référence diploïde. Les analyses montrent que l'assemblage de novo résout 2 à 7 % de séquences supplémentaires et surpasse la précision de l'appel de variants d'un ordre de grandeur.

Cette étude rétrospective évalue l'impact diagnostique et pronostique du profilage par puces d'ADN de méthylation (MA) dans l'épendymome pédiatrique. Sur 63 patients, le profilage MA a reclassifié près d'un quart des diagnostics initiaux, avec un taux plus élevé avant 2019, soulignant l'importance du diagnostic moléculaire intégré. L'épendymome du groupe A de la fosse postérieure (PFA) était le sous-groupe prédominant. La résection totale macroscopique a été le seul facteur significativement associé à une meilleure survie, tandis que le gain du chromosome 1q, observé exclusivement chez les patients PFA, était lié à un risque élevé de rechute.