Semaine 2026-W23

Cette étude a optimisé un protocole d'enrichissement basé sur l'hybridation pour l'ADN dérivé d'échantillons FFPE, un élément clé en oncologie de précision. En variant systématiquement les conditions d'hybridation, les chercheurs ont maximisé l'efficacité d'enrichissement et l'uniformité de la couverture. Le protocole optimisé, utilisant deux cycles d'hybridation courte, a démontré une efficacité d'enrichissement six fois supérieure à celle des kits commerciaux comparables. Il assure une couverture cible adéquate et une détection élevée des variants, même avec des taux de doublons accrus. Ce protocole offre une flexibilité pour des panels de petite taille au séquençage de l'exome entier, le rendant adapté aux applications d'oncologie de précision sur des échantillons FFPE complexes.

Cette étude rétrospective monocentrique a évalué l'utilité clinique du profilage génomique complet (PGC) chez 108 patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules (CPNPC) avancé ou récurrent, après la fin des traitements standards. Le PGC a permis de détecter des aberrations génétiques "druggable" chez 37% des patients, les mutations de l'EGFR étant les plus fréquentes. Des mécanismes de résistance ont été identifiés chez près de la moitié des patients re-biopsiés après une thérapie ciblée. Bien qu'une thérapie basée sur le PGC ait été recommandée pour 35,2% des patients, seulement 16,6% l'ont reçue, montrant une tendance à une survie globale prolongée pour ceux-ci. L'étude conclut que le PGC peut identifier des mutations actionnables manquées par les diagnostics conventionnels, offrant ainsi des opportunités thérapeutiques supplémentaires dans le CPNPC.

Cette étude prospective a évalué le profilage de l'expression génique de sept gènes (EGFR, FGFR2, PIK3CA, PTEN, SMAD4, STK11, TP53) dans l'ARN libre circulant (cfRNA) de condensats d'air expiré (EBC) chez des patients atteints d'adénocarcinome pulmonaire avancé. Les résultats ont montré que PIK3CA présentait la meilleure performance diagnostique pour distinguer les patients des contrôles sains. Une expression élevée de FGFR2 et PIK3CA était associée à une survie globale plus courte, indiquant leur pertinence pronostique. L'expression d'EGFR a montré une forte corrélation entre l'EBC et le plasma, et une faible expression d'EGFR était liée à une survie plus longue chez les patients recevant une chimiothérapie seule. Cette approche non invasive par EBC offre un potentiel pour la caractérisation moléculaire et la stratification des patients.

Cette vaste analyse génomique de 2901 carcinomes de l'endomètre affine la classification moléculaire en répondant à plusieurs questions cliniques. L'étude confirme que tous les gènes de réparation des mésappariements (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2) confèrent un pronostic favorable équivalent, validant ainsi le statut dMMR comme désignation pronostique de classe. Elle démontre que le bénéfice de survie exceptionnel associé aux tumeurs POLE-ultramutées est limité aux mutations pathogènes canoniques du domaine exonucléase, excluant les variants de signification incertaine. Enfin, les patients présentant des mutations de TP53 et une forte instabilité du nombre de copies (CNH) sont identifiés comme ayant le besoin thérapeutique le plus urgent.

Un essai de phase 3, en ouvert, a évalué le zanidatamab, un anticorps bispécifique ciblant HER2, avec ou sans tislelizumab (anti-PD-1), en association avec une chimiothérapie, comme traitement de première ligne pour l'adénocarcinome gastro-œsophagien avancé HER2-positif. Les patients ont été randomisés pour recevoir zanidatamab-tislelizumab-chimiothérapie, zanidatamab-chimiothérapie ou trastuzumab-chimiothérapie. Les bras zanidatamab-tislelizumab-chimiothérapie et zanidatamab-chimiothérapie ont montré une survie sans progression significativement plus longue (médiane de 12,4 mois pour les deux) par rapport au trastuzumab-chimiothérapie (8,1 mois). La survie globale était également plus longue avec la combinaison zanidatamab-tislelizumab-chimiothérapie (26,4 mois) qu'avec le trastuzumab-chimiothérapie (19,2 mois). La diarrhée était l'événement indésirable de grade 3 ou supérieur le plus fréquent.

Cette étude observationnelle rétrospective, menée à partir du registre italien ATLAS, a évalué l'efficacité et la sécurité de l'amivantamab chez 119 patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules (CPNPC) avancé porteur de mutations par insertion dans l'exon 20 de l'EGFR. La majorité des patients avaient déjà reçu une chimiothérapie à base de platine, avec ou sans immunothérapie. L'amivantamab, administré en monothérapie dans les lignes ultérieures, a montré un taux de réponse objective de 37,5%, une survie médiane sans progression de 9,6 mois et une survie globale médiane de 16,9 mois. Le profil de sécurité était gérable, avec des événements indésirables liés au traitement de grade 3-4 chez 10,9% des patients, confirmant les données de l'essai CHRYSALIS dans une population réelle lourdement prétraitée.

Cette étude rétrospective a analysé 120 cas d'adénocarcinome pulmonaire (LUAD) avec épanchements séreux malins (MSE) pour caractériser leurs aspects clinicopathologiques, moléculaires et pronostiques. Les épanchements pleuraux étaient les plus fréquents, mais l'atteinte péricardique était associée à la survie globale la plus courte. Le profilage moléculaire a révélé des mutations de TP53 et des altérations actionnables dans des gènes comme EGFR, KRAS, BRAF, ALK et ROS1. La négativité de NKX2-1 (TTF-1) et l'absence d'altérations actionnables étaient des facteurs pronostiques indépendants défavorables, la double négativité NKX2-1/CD274 (PD-L1) définissant le sous-groupe à plus mauvais pronostic. Les régimes basés sur l'immunothérapie et les inhibiteurs de tyrosine kinase ont montré des bénéfices variables sur la survie.

Cette étude a développé une nouvelle classification immunitaire pour le cancer colorectal (CCR) basée sur une analyse multi-omique intégrative. En utilisant des profils d'expression génique, de mutation et de méthylation de deux grandes cohortes de CCR, trois clusters distincts (MotifCC) ont été identifiés, chacun avec des caractéristiques moléculaires et immunitaires uniques. Le Cluster1, caractérisé par une forte activation de la voie WNT, présentait le pire pronostic et un microenvironnement tumoral pro-tumoral, suggérant un bénéfice d'une combinaison d'immunothérapie et de traitement ciblant WNT. Le Cluster2, avec une faible infiltration immunitaire et une glycolyse élevée, pourrait répondre aux inhibiteurs du métabolisme, tandis que le Cluster3, avec une méthylation génique élevée, une charge mutationnelle tumorale élevée et une instabilité microsatellitaire, montrait une meilleure réponse à l'immunothérapie. Cette classification permet de mieux comprendre l'hétérogénéité du CCR et d'adapter les stratégies d'immunothérapie.

L'Oncogenicity Variant Interpreter (OncoVI) est un outil open-source basé sur Python, développé pour harmoniser et automatiser la classification de l'oncogénicité des variants somatiques en oncologie de précision. Il implémente les directives du Clinical Genome Resource/Cancer Genomics Consortium/Variant Interpretation for Cancer Consortium, réalisant l'annotation fonctionnelle et la collecte de preuves à partir de ressources publiques. OncoVI a démontré une précision de 80% sur un ensemble de référence de 93 variants somatiques et une concordance de 79% avec les évaluations d'un comité de tumeurs moléculaires sur 7802 variants réels. Cet outil vise à soutenir une interprétation reproductible et standardisée des variants somatiques entre les institutions.

Lancet2 est un outil open-source de détection de variants somatiques conçu pour améliorer l'identification des petites variations dans les données de séquençage à lecture courte. Il intègre des améliorations significatives, notamment une meilleure découverte et génotypage des variants grâce à l'alignement multiple de séquences et un réalignement des lectures. L'outil optimise également la notation des variants somatiques avec des modèles d'apprentissage automatique explicables et offre une visualisation améliorée des variants. Lors de tests comparatifs, Lancet2 a surpassé d'autres outils leaders en termes de performance, particulièrement pour les insertions/délétions, tout en offrant des gains de vitesse et une réduction de l'utilisation de la mémoire.

Cette étude a réalisé un séquençage du génome entier et du transcriptome sur 50 échantillons de tumeurs de 37 patientes atteintes d'un cancer du sein localement avancé ou métastatique. Elle a révélé une complexité génomique étendue, avec une charge mutationnelle tumorale plus élevée dans le cancer du sein triple négatif (TNBC). Une déficience de la recombinaison homologue (HRD) a été détectée chez 27% des patientes, souvent sans mutations de BRCA1/2 mais avec des variants structurels délétères dans d'autres gènes de réparation. Des altérations thérapeutiquement exploitables ont été identifiées chez 84% des patientes, incluant une nouvelle fusion ESR1::EP300 potentiellement liée à la résistance endocrinienne. Ces résultats soulignent la valeur du séquençage pangénomique pour caractériser la maladie métastatique et guider les thérapies.

Les mutations somatiques dans les régions promotrices riches en GC sont des moteurs importants du cancer, mais leur détection est difficile en raison de la faible couverture de séquençage dans ces zones. Cette étude présente un essai de capture hybride optimisé pour plus de 3000 promoteurs de gènes liés au cancer, permettant un séquençage profond de ces régions complexes. Cette méthode facilite la découverte de mutations ponctuelles fiables, de petites insertions/délétions, de variants du nombre de copies et de signatures mutationnelles. L'essai a identifié des mutations non codantes candidates dans les gènes CDK4, SMAD3 et GATA3 dans le cancer du sein, ouvrant la voie à de futures investigations fonctionnelles.

Cette revue explore les biomarqueurs établis et émergents pour la stratification des patientes atteintes d'un cancer du sein à un stade précoce, afin d'optimiser la thérapie systémique adjuvante. Elle souligne que les facteurs clinicopathologiques restent fondamentaux, mais que la prise de décision est de plus en plus guidée par des marqueurs biologiques précis. Les statuts ER et HER2 sont essentiels, tandis que les tests multigéniques affinent le risque de récidive et le bénéfice de la chimiothérapie dans les cancers hormono-sensibles. Des biomarqueurs immunitaires et de réparation de l'ADN informent les thérapies ciblées dans les sous-types HER2-positifs et triple-négatifs, et le profilage des mutations de gènes comme ESR1, PIK3CA, AKT, MTOR et PTEN guide les traitements ciblés. Les approches émergentes, telles que la biopsie liquide et l'intelligence artificielle, offrent des perspectives dynamiques mais nécessitent une validation prospective.

Cette étude a analysé la prévalence et les caractéristiques des mutations germinales chez 1094 patients chinois atteints de cancer colorectal (CCR) à l'aide d'un panel de 53 gènes. Des mutations pathogènes/probablement pathogènes (P/LP) ont été identifiées chez 9,3 % des patients, les gènes de réparation des mésappariements (MMR) étant les plus fréquemment affectés. Les patients chinois présentaient des fréquences plus faibles de mutations MUTYH et APC, mais des taux plus élevés de mutations MMR par rapport aux populations occidentales. Les porteurs de mutations P/LP germinales avaient une meilleure survie sans progression, et une proportion significative de ces porteurs n'avait pas d'antécédents familiaux ou était diagnostiquée après 65 ans. Ces résultats soulignent la nécessité de stratégies de dépistage génétique et de dépistage adaptées à la population asiatique.

Cette étude a exploré la présence de fusions oncogéniques dans 11 tumeurs pulmonaires à cellules fusiformes non classifiées, des néoplasmes agressifs avec des options de traitement limitées. En utilisant le séquençage d'ARN ciblé basé sur l'AMP, les chercheurs ont identifié des fusions du gène ALK chez deux patients (18,2%), notamment PPFIBP1::ALK et SYCL3::ALK. Ces tumeurs ont également montré une coloration immunohistochimique positive pour ALK, malgré une hétérogénéité morphologique. Ces résultats élargissent le spectre moléculaire de ces tumeurs rares et soulignent l'importance de la détection de fusions ALK, y compris celles avec des partenaires inhabituels.

Cette méta-analyse a évalué la performance de modèles de prédiction du risque de cancer du sein chez les femmes ayant des antécédents familiaux. Les modèles Gail (BCRAT) et BOADICEA ont montré une bonne calibration, tandis que Tyrer-Cuzick surestime et BRCAPRO sous-estime le risque. En termes de discrimination, aucun modèle n'était clairement supérieur, avec Tyrer-Cuzick version 8, BOADICEA et BRCAPRO présentant une discrimination modeste et similaire. Les auteurs suggèrent que BOADICEA pourrait être utile pour la gestion des patientes dans ce contexte, malgré des limites liées au risque de biais élevé et à l'hétérogénéité des études.

Cette étude a analysé le profil génomique de 480 patients atteints d'adénocarcinome métastatique de primitif inconnu (ACUP) en utilisant la plateforme FoundationOne CDx. Les mutations les plus fréquentes incluaient TP53, KRAS et CDKN2A. Les résultats ont révélé que les mutations de GNAS et PIK3CA étaient associées à une meilleure survie globale. En revanche, les altérations de ARID1A et NOTCH1 étaient liées à un pronostic plus défavorable. Ces découvertes soulignent l'importance des altérations génomiques spécifiques comme marqueurs pronostiques dans l'ACUP.

Cette étude prospective a examiné la prévalence des variants germinaux pathogènes (PVs) non-BRCA et leur impact sur la réponse à la thérapie néoadjuvante (NAT) chez des patientes atteintes d'un cancer du sein triple négatif (CSTN). Sur 184 patientes, 36% présentaient des PVs dans des gènes de susceptibilité au cancer, incluant 31 gènes non identifiés dans d'autres cohortes américaines. Les patientes ont reçu une NAT à base de doxorubicine, cyclophosphamide, paclitaxel et carboplatine, avec ou sans immunothérapie ou thérapie ciblée. Malgré cette prévalence élevée, la présence de ces PVs germinaux non-BRCA n'était pas associée à une différence significative dans la réponse pathologique complète (pCR) ou la réponse radiologique. Les résultats suggèrent l'intérêt des panels multigènes pour le dépistage, mais indiquent que ces variants ne sont pas des prédicteurs de la réponse à la NAT dans le CSTN.

Cet article présente TF-DWGNet, un nouveau cadre de réseau neuronal graphique conçu pour la classification des sous-types de cancer à partir de données multi-omiques. Le modèle introduit deux innovations clés : la construction de graphes dirigés pondérés spécifiques à chaque modalité omique et un mécanisme de fusion tensorielle pour capturer les interactions unimodales, bimodales et trimodales. Les expériences sur trois jeux de données réels de cancer montrent que TF-DWGNet surpasse les méthodes existantes. De plus, il fournit des informations interprétables sur les contributions des modalités et l'importance des caractéristiques.